Neue Publikation in Bioinformatics

Die quantitative Interpretation von Einzelmolekül-FRET-Experimenten erfordert ein Modell der Farbstoffdynamik, um die experimentellen Energieübertragungseffizienzen mit den Abständen zwischen den Atompositionen zu verknüpfen. In unserer Publikation "FRETraj: Integrating single-molecule spectroscopy in molecular dynamics simulation" stellen wir das von uns entwickelte Python-Modul zur Vorhersage von FRET-Verteilungen auf der Grundlage zugänglicher Kontaktvolumina (ACV) und simulierter Photonenstatistiken vor. FRETraj hilft bei der Identifizierung optimaler Fluorophorpositionen auf einem Biomolekül von Interesse durch die schnelle Auswertung von Donor-Akzeptor-Abständen. FRETraj ist skalierbar und vollständig in PyMOL und das Jupyter-Ökosystem integriert. Hier beschreiben wir die Konformationsdynamik einer DNA-Haarnadel durch Berechnung mehrerer ACVs entlang einer Molekulardynamik-Trajektorie und vergleichen die vorhergesagte FRET-Verteilung mit Einzelmolekülexperimenten. Die FRET-gestützte Modellierung wird die Analyse von strukturellen Ensembles beschleunigen, insbesondere von dynamischen, nicht-kodierenden RNAs und transienten Protein-Nukleinsäure-Komplexen.