Neue Publikation in Nature Communications

Neue Publikation in Nature Communications

Unser Softwarepaket MASH-FRET hat erfolgreich an der kinSoftChallenge teilgenommen. Die Ergenisse wurde im Journal Nat. Comm. publiziert.

Kinetische Untersuchungen von Biomolekülen auf der Einzelmolekülebene mithilfe des Förster/Fluoreszenz Resonanz Energietransfers (FRET) in der konfokalen oder der TIRF Mikroskopie ist heute eine vielseitig einsetzbare Methode, um die kinetische Heterogenität des Molekülensembles aufzuklären, die normalerweise durch Mittelung des Ensembels verloren gehen würde.

Es gibt dabei verschiedene Softwarelösungen. In der kinSoftChallenge sind 12 (14) verschiedene Programme gegeneinander angetreten und haben ihre Performance in einer Blindstudie bewiesen. Die von uns entwickelte Matlab-basierte Software MASH-FRET hat an der kinSoftChallenge sehr erfolgreich teilgenommen.

MASH-FRET dient der Auswertung von Einzelmolekül-Fluoreszenztraktektorien in der Kamera-basierten Mikroskopie, insbesondere in der TIRF Mirkoskopie. Die Hauptanwendung besteht in der Auswertung sogenannten FRET Experimente. Hier bietet die Software sowohl die Videobearbeitung, die Spot-Detektion der Einzelmoleküle, die Herstellung der Intensitätszeitspuren und deren Auswertung mit Hinblick auf Thermodynamik (FRET Histogramme) und Kinetik (Cumulative Zeitabschnitts-Histogramme). Die Software ist heute so aufgebaut, dass sie eine semi-automatische Auswertung der Zeitspuren erlaubt. Dies erlaubt eine nachvollziehbare und vergleichbare Auswertung des Einzelmolekül-FRET-Experimentes. Beides erleichert die Bedienung enorm und ermöglicht es die oft zitierte Reporduzierbarkeit in der Analyse zu gewährleisten.

Wir haben das dazugehörige Manuscript nun im Journal Nature Communications publizieren können. https://doi.org/10.1038/s41467-022-33023-3